Depuis janvier 2011, l’hôpital Charles Foix forme avec l’hôpital Pitié-Salpêtrière un groupe hospitalier : les Hôpitaux Universitaires Pitié Salpêtrière – Charles Foix. Le groupe hospitalier est dirigé par un directeur nommé par le directeur général de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris (AP-HP). La gouvernance de l’hôpital s’articule également autour de comités et d’instances :